共聚焦顯微鏡的共聚焦成像能有效抑制焦平面外的雜散光和非測量光進入探測器，實現單一焦層面成像，使分辨率大為提高。載物臺沿橫向均勻移動時，可形成清晰的單層圖像，沿縱向移動，可實現樣品不同深度的逐層掃描，經過三維重建得到樣品的三維立體結構，即所謂的“光學CT”。使用熒光探針對樣品進行標記后再運用共聚焦顯微鏡觀測，不僅可觀察固定的各種細胞和組織結構，還可對活細胞的形態、結構、離子等進行定性定量定時觀察及測定。

　　傳統的光學顯微鏡使用的是場光源，標本上每一點的圖像都會受到鄰近點的衍射或散射光的干擾。而共聚焦顯微鏡則在熒光顯微鏡成像基礎上利用激光作為光源，采用共軛聚焦裝置，并利用計算機對所觀察分析對象進行數字圖像處理的一套觀察和分析系統。

　　共聚焦顯微鏡與傳統顯微鏡相比，具有高分辨率、高靈敏度、高放大率等特點。隨著軟件開發和應用技術的完善，共聚焦顯微鏡已成為形態學、分子細胞生物學、神經科學、藥理學、遺傳學等領域中新一代強有力的研究工具。