從一個點光源發射的探測光通過透鏡聚焦到被觀測物體上，如果物體恰在焦點上，那么反射光通過原透鏡應當匯聚回到光源，這就是所謂的共聚焦，簡稱共焦。其意義是：通過移動透鏡系統可以對一個半透明的物體進行三維掃描。共聚焦顯微鏡能提供無比準確的三維成像，以及對亞細胞結構和動力學過程的準確測試。

　　共聚焦顯微鏡在反射光的光路上加上了一塊半反半透鏡(BeamSplitter)，將已經通過透鏡的反射光折向其它方向，在其焦點上有一個帶有針孔的擋板，小孔就位于焦點處，擋板后面是一個光電倍增管。可以想像，探測光焦點前后的反射光通過這一套共焦系統，必不能聚焦到小孔上，會被擋板擋住。于是光度計測量的就是焦點處的反射光強度。

　　使用共聚焦顯微鏡，必須注意以下幾點：

　　①嚴格按照使用規程操作，不得任意改變操作程序，共聚焦顯微鏡中的激光發射管使用壽命有限且價格昂貴。所以，在操作使用過程中切記，在開關的啟動順序以及在掃描過程中努力做到保護好激光管。

　　②注意不要暴露在中等功率和高功率的激光輻射中，特別要注意不得注視激光束，甚至不要觀看樣品：不得在共聚焦顯微鏡附近儲存或使用易燃易爆物的同體、液體或氣體：可以引燃的材料如布或紙張不得放入光路中。

　　③開機或改變激光功率后，約需20min激光光源才能夠達到穩定，關閉共聚焦顯微鏡系統時，先關閉計算機，等氬離予激光器風扇關閉時，方可關閉系統開關。

　　④掃描后的圖像儲存在計算機內，可作進一步處理。由于計算機的硬盤有限，應及時儲存到用戶軟盤上，但要警惕任何病毒浸染激光共聚焦顯微系統。使用前要嚴格把關，檢查軟盤是否攜帶病毒。