熒光顯微鏡是利用一個高發光效率的點光源，經過濾色系統發出一定波長的光(如紫外光3650入或紫藍光4200入)作為激發光、激發標本內的熒光物質發射出各種不同顏色的熒光后，再通過物鏡和目鏡的放大進行觀察。這樣在強烈的對襯背景下，即使熒光很微弱也易辨認，敏感性高，主要用于細胞結構和功能以及化學成分等的研究。熒光顯微鏡的基本構造是由普通光學顯微鏡加上一些附件(如熒光光源、激發濾片、雙色束分離器和阻斷濾片等)的基礎上組成的。

　　熒光顯微鏡使用方法：

　　1．打開燈源，超高壓汞燈要預熱幾分鐘才能達到亮點。

　　2．透射式熒光顯微鏡需在燈源與聚光器之間裝上所要求的激發濾片，在物鏡的后面裝上相應的阻斷濾片。落射式熒光顯微鏡需在光路的插槽中插入所要求的激發濾片／雙色束分離器／阻斷濾片的插塊。

　　3．用低倍鏡觀察，根據不同型號熒光顯微鏡的調節裝置，調整光源中心，使其位于整個照明光斑的中央。

　　4．放置標本片，調焦后即可觀察。使用中應注意：末裝濾光片不要用眼直接觀察，以免引起眼的損傷；用油鏡觀察標本時，必須用無熒光的特殊油鏡；高壓汞燈關閉后不能立即重新打開，需經5分鐘后才能再啟動，否則會不穩定，影響汞燈壽命。

　　5.觀察在示教臺上的熒光顯微鏡下用藍紫光濾光片，可見經o．01％的丫啶橙熒光染料染色的細胞，細胞核和細胞質被激發產生兩種不同顏色的熒光(暗綠色和橙紅色)。