正置顯微鏡是物鏡的鏡頭向下的，物鏡的鏡頭下是顯微鏡載物臺，被觀察物放置在載物臺上并且處于物鏡下端，這種結構決定了被觀察物的厚度不能過厚，一般在2CM以內，超過2CM的話被觀察物可能無法放置到載物臺同物鏡之間，或是超出焦距范圍，無法聚焦成像，此種情況下就可采用倒置顯微鏡，倒置顯微鏡物鏡處于載物臺下端。倒置顯微鏡的物鏡是向上的，載物臺在物鏡上方，當觀察活體細胞時適合用這種顯微鏡，因為正置顯微鏡的工作距離很短，觀察培養皿里面的活體細胞根本沒辦法觀察。
正置顯微鏡的使用方法：
（一）取鏡和安放
1、右手握住鏡臂，左手托住鏡座。
2、把顯微鏡放在實驗臺上，略偏左（顯微鏡放在距實驗臺邊緣7厘米左右處）。安裝好目鏡和物鏡。
（二）對光
1、轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔(物鏡的前端與載物臺要保持2厘米的距離)。
2、把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內(右眼睜開，便于以后同時畫圖)。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。
（三）觀察
1、把所要觀察的玻片標本（也可以用印有“6”字的薄紙片制成）放在載物臺上，用壓片夾壓住，標本要正對通光孔的中心。
2、轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本為止（眼睛看著物鏡，以免物鏡碰到玻片標本）。
3、左眼向目鏡內看，同時反方向轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像為止。再略微轉動細準焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
4、高倍物鏡的使用：使用高倍物鏡之前，必須先用低倍物鏡找到觀察的物象，并調到視野的正中央，然后轉動轉換器再換高倍鏡。換用高倍鏡后，視野內亮度變暗，因此一般選用較大的光圈并使用反光鏡的凹面，然后調節細準焦螺旋。觀看的物體數目變少，但是體積變大。
（四）整理
實驗完畢，把顯微鏡的外表擦拭干凈。轉動轉換器，把兩個物鏡偏到兩旁，并將鏡筒緩緩下降到低處，反光鏡豎直放置。后把顯微鏡放進鏡箱里，送回原處。
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